灭菌中根据不同情况灵活掌握灭菌时间，是生产中保证灭菌效果的重要环节。不论是高压灭菌还是常压灭菌，灭菌时间与下列因素有关：
（1）培养料（基）的洁净度。如果使用的培养料有霉变、腐败料混入，或使用了不洁净的水拌料，或存放木屑等原材料的场所不卫生，都会造成培养料内的微生物基数增高而加大灭菌难度，必须延长灭菌时间，否则会导致灭菌不彻底。反之，越洁净的培养料，灭菌的效果越好，所需灭菌时间也短。在实际生产中，有些栽培户存在错误概念，认为反正要经过灭菌，就不注意拌料装袋中的卫生条件，又未相应延长灭菌时间，这往往是导致灭菌失败的原因之一。
（2）灭菌季节的气温高低。夏季灭菌正值高温高湿季节，空气中的杂菌基数多，使得培养料内杂菌数也多，从而灭菌时间要相应延长。反之，冬季低温干燥，空气中杂菌基数少，灭菌时间可相对缩短。
（3）灭菌压力越高，时间越短；灭菌压力越低，时间越长。这就是采用高压灭菌可大大缩短灭菌时间的道理。
（4）料袋大、装料多，因蒸汽不易穿透料袋而使料内升温慢，需相应延长灭菌时间。反之，料袋小、装料少的情况下，灭菌时间相应短。
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