公司扣辞职员工的工资该如何处理？

通过正常手续离职，也就是说按照《劳动合同法》第三十七条的规定，履行了提前三十天书面通知义务，并继续工作至三十天届满后，劳动合同终止，劳动关系解除，可以得到已工作期间的工资。
公司恶意扣除员工工资，违反了《劳动法》第五十条“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定，侵害了员工的合法权益。

建议向劳动监察部门投诉，请求干预并查处。

也可以通过直接向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请的方式予以解决。

首先  你和单位提出辞职是否有书面文件 是否有相关领导同意辞职的签字   这个最好你能拿到原件或者复印件  或者有证明人   。

如果你能提供以上证据   说明你与公司已经协商一致解除劳动合同 双方无任何违约金一说      那么在这种情况下 公司扣你的钱属于违法 你可以仲裁  。

关于更改合同 那么必须要有员工亲笔签字才可以   你可以对合同提出鉴定  。

总之看来你们单位够缺德了  你协商估计可能不行 那就去你单位坐落地的劳动仲裁部门提起劳动仲裁。

　　用人单位拖欠劳动者的工资，劳动者有3个途径可以要求支付工资：

　　1、劳动者可以到当地人力资源和社会保障局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大；

　　2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。

　　3、有欠条的，可以直接起诉到法院，要求支付欠条里的工资数额。

　　《劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
　　（一）因确认劳动关系发生的争议；
　　（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
　　（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
　　（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
　　（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

　　《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

　　《工资支付暂行规定》第十八条　各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
　　（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
　　（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
　　（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。