主要传染源是携带病菌者和患者。有一定的潜伏期，感染者从潜伏期末开始至发病10天内具有传染性。健康带菌者因为无临床症状而不易被发现，这部分人要比已经发病的人群多10～20倍。
脑膜炎双球菌存在于患者或携菌者的鼻咽分泌物中，经咳嗽、喷嚏、说话等由飞沫从空气中传播。由于抵抗外界环境的能力较差，通过日常用品间接传播的机会极少，但密切接触，如同睡、怀抱、喂乳、接吻等对2岁以下婴儿传播极为严重。
冬春季人们室内活动增多，人们之间接触频繁密切，有利于流脑的传播和扩散。
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