精子畸形有多种情况，首当其冲的是精子头部异常。精子头部主要结构为浓缩的细胞核和顶体。在染色质成熟过程异常可导致位于头部的精子核空泡样缺陷即精子核异常发生几率较高。
另一种是精子颈部和中段异常。头尾分离是常见的精子连接段畸形，这种畸形也被称为断头精子。有研究显示，大多数断头精子尾部结构正常；小部分这类精子，尾部有残留的连接段并被胞质团包绕，或呈现中段缺失；另有部分精子，尾部有规则的连接段和中段，或者残留的连接段与主段相连。
还有一种是精子鞭毛异常。主要有原发性纤毛运动障碍和纤维鞘发育不良两种表现、前者是一种常染色体隐性遗传疾病
。这类患者常表现为支气管扩张、慢性鼻窦炎、内脏逆位和男性不育。纤毛或鞭毛结构不能有力地摆动是其主要致病原因。
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