医院在武汉理工大学马房山校区东、西院及余家头校区均设有医疗机构，其中马房山校区下设升升公寓医务室、南湖新校园医务室，余家头校区下设三层楼教学区医务室、中区医务室。医院管理机构总部设在马房山校区西院，余家头校区为医院余家头分院。医院设总支书记 1 人，副院长 4 人，其中 1 人主持全院工作， 1 人兼任分院院长。医院内设医院办公室、财务办公室、计划生育办公室、余家头分院办公室 4 个职能科室。
