贮藏方法因贮藏量与贮藏时间而异。若贮藏数量不大，而时间要求较长，可采用聚乙烯袋包装，在冰箱内0～5℃条件下贮藏2年以上品质仍然良好。如果贮藏时间不超过次年夏季，则可用尼龙网袋或布袋装好，进行室内挂藏。对于数量较大的，用麻袋或堆放在干燥的地上贮藏。对于数量较多，贮藏时间较长的，最好用麻袋包装，放于冷库中进行低温贮藏。
北方冬季气温低，空气干燥，秋季入袋的核桃，不需立即密封，待翌年2月下旬气温逐渐回升时再进行密封。密封时应选择低温、干燥的天气进行，使帐内空气湿度不高于50%～60%，以防密封后腐变。采用塑料袋密封黑暗贮藏，可有效降低种皮氧化反应，抑制酸败，在室温25℃以下可贮藏1年。
尽可能带壳贮藏核桃，如要贮藏核仁，因核仁破碎而使种皮不能将仁包严，极易氧化，故应用塑料袋密封，再在1℃左右的冷库内贮藏，保藏期可达2年。低温与黑暗环境可有效抑制核仁酸败。
在贮藏核桃时，常发生鼠害和虫害。一般可用溴甲烷（40克/立方米）熏蒸库房3.5～10小时，或用二硫化碳（40.5克/立方米）密闭封存18～24小时，防治效果显著。
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